Trường Đại học Khoa học Tự nhiên thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội được thành lập theo Nghị định số 97/CP ngày 10/12/1993 của Chính phủ, trên cơ sở tách Trường Đại học Tổng hợp (ĐHTH) Hà Nội thành Trường Đại học Khoa học Tự nhiên (ĐHKHTN) và Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn (ĐHKHXH & NV)

Trường ĐHKHTN ra đời là sự tiếp nối, kế thừa và phát huy truyền thống hơn 55 năm của Trường ĐHTH Hà Nội - Trường đại học đầu tiên và lớn nhất của đất nước với nhiệm vụ chính trị là đào tạo đội ngũ cán bộ khoa học cơ bản, có đức có tài; tổ chức các hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, phục vụ đắc lực cho công cuộc xây dựng và bảo vệ tổ quốc. Chính từ nơi đây đã đào tạo được nhiều nhân tài, nhiều nhà khoa học ưu tú và danh tiếng cho đất nước.

Trụ sở chính của trường tại số 334 Nguyễn Trãi-Hà Nội.

Những điểm mốc lịch sử quan trọng trong quá trình phát triển của trường là:

• Năm 1904: Trường Đại học Đông Dương
• Năm 1946: Trường Đại học Khoa học
• Năm 1956: Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội
• Năm 1993: Trường Đại học Khoa học Tự nhiên - Đại học Quốc gia Hà Nội.